Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
Duman M. (Yürütücü), Altun S. , Satıcıoğlu İ.
Proje Özeti
Kariyer geliştirme potansiyeli (a)
Ülkemizde akvaryum balığı hastalıkları konusunda sınırlı sayıda çalışma yapıldığı ve uzman sayısının az olduğu düşünüldüğünde önerilen proje ile yetiştiriciliği yapılan ve ithal edilen akvaryum balıklarının sağlık kontrollerinin yapılması araştırmacı yetiştirme-geliştirme, akvaryum balıklarında görülen hastalıkların hızlı teşhisi konularına katkı sağlayacağı ön görülmektedir (a, b).
Konunun önemi (b)
Balıklarda hastalık etkenlerinin belirlenmesi için otopsi yapılarak mikrobiyolojik örnekleme yapılması gereksinimi ekonomik değeri yüksek olan ya da nesli tükenme tehlikesi altında olan balıkların hastalıklarının teşhisini zorlaştırmaktadır. Diğer hayvanlarda olduğu gibi akvaryum balıklarında da herhangi bir zarar verici uygulama olmadan (non-invaziv) örnekleme yapılması hastalık etkenlerinin teşhisi ve balıkların örneklenmesi amacıyla öldürülmemesi açısından büyük önem arz etmektedir (b).
Özgün değeri (c)
Ülkemizde akvaryum balıklarında Aeromonas, Shewanella, Citrobacter ve Pseudomonas türlerine yönelik çalışmalar yapılmış olsa da non-invaziv yöntemlerle hastalıkların teşhisi konusunda çalışmalar sınırlı sayıdadır. Projeye konu olan bakteri türlerinin çevrede ve sucul ortamda yaygın olarak bulunmasına ve balıklarda yüksek mortaliteye neden olmasına rağmen akvaryum balıklarında bu etkenlerin non-invaziv yöntemlerle hızlı ve güvenilir teşhislerine yönelik çalışmalar yetersizdir (c).
Proje önerisinin araştırma sorusu veya hipotezini (d);
─ Akvaryum balıklarından izole edilen Aeromonas spp. Pseudomonas spp. Vibrio spp. ve Mycobacterium spp. türlerinin qPCR ile dokudan direkt hızlı ve spesifik teşhislerine yönelik prob geliştirilmesi, ve bu problar sayesinde balıklarda otopsi yapılmasına ihtiyaç duyulmadan non-invaziv yöntemlerle alınacak balık doku örneklerinden etken teşhisinin yapılması proje önerisinin hipotezini oluşturmaktadır (d).
Amaç ve Hedefler (e)
• Laboratuvar kültür koleksiyonumuzda bulunan ve akvaryum balıklarından izole edilen Aeromonas spp. Pseudomonas spp. Vibrio spp. ve Mycobacterium spp.’lerin genus bazında teşhisine yönelik duyarlılığı ve spesifitesi yüksek qPCR problarının geliştirilmesi, anabilim dalı kültür koleksiyonumuzda bulunan diğer tüm referans suşlara yönelik spesifite ve duyarlılık analizlerinin yapılması, proje kapsamında toplanacak akvaryum balıklarından alınan örneklerde duyarlılık ve spesifite analizlerinin yapılması amaçlanmıştır.
Bu amaçlara ulaşmak için;
• Öncelikle gen bankasında kayıtlı akvaryum balığı ve kültür balıklarından izole edilerek kaydedilmiş her bir etken için kendi türleri içerisinde ortak gen bölgelerinin belirlenmesi,
• Belirlenen gen bölgelerine yönelik primer prob dizaynının yapılması ve probların GenBank ve diğer veri tabanlarında spesifite analizinin yapılması,
• qPCR problarının Anabilim dalı kültür koleksiyonunda bulunan Aeromonas spp. Pseudomonas spp. Vibrio spp. ve Mycobacterium spp. etkenleri ve diğer referans/tip suşlara karşı spesifite ve duyarlılık denemelerinin yapılması,
• Primer probların akvaryum balıkçılarından balık ve su örnekleri toplanarak hem klasik mikrobiyolojik (kültür) hem de qPCR metodu ile dizayn edilen probların saha denemelerinin yapılması hedeflenmiştir (e).
Yöntem (f)
Hedef etkenlere yönelik genus spesifik gen bölgeleri araştırılacak ve genbankasına kaydedilen her bir hedef tür için ortak bir gen bölgesi tespit edilecektir. Belirlenen gen bölgesine yönelik ortak bir primer-prob dizaynı yapılacaktır. Duyarlılık ve spesifite testlerinin yapılması amacıyla kültür koleksiyonunda stoklanan saha izolatları ve referans/tip suşlara karşı analizleri yapılacaktır. Primer-problar ayrıca saha denemelerinde de kullanılmak üzere proje çerçevesinde akvaryum suyu ve balık doku örneklerinde DNA ekstraksiyonunu takiben test edilecektir (f).
Yaygın etki (g)
Akvaryum balıklarda görülen hastalıkların non-invaziv yöntemlerle hızlı ve doğru teşhislerinin yapılması, ekonomik ve balık refahının korunması konusunda önemli bir çalışma olacaktır. Ayrıca çalışmamız akvaryumculardan gelen örneklerin analiz edilmesi yönüyle de ülke ekonomisine katkı sağlayacaktır (g).